北京市体检中心创建于1964年，是首都成立最早、政府举办的专业体检机构，承担着首都征兵、招生及教师、从药人员、驾驶员等特殊行业体检的组织、管理、实施工作，对申请开展专项体检的定点医院进行资格认定，培训与考核区县从事专项体检的医务人员，对各区县专项体检的工作质量实施监控，面向社会开展中招、高招有关体检问题的现场咨询，并负责鉴定因体检原因引起的退兵、退生。40多年来，北京市体检中心为国防、教育等行业选拔了大量体格优良的人才。
长期的体检实践活动，为北京市体检中心积累了丰富的经验，并形成了自己的专业特色。中心先后参与制订和修改了国家征兵、院校招生的体检标准，制定了北京市招收干部及其它特种行业体检标准和体检操作方法。近年来起草了《北京市体检工作管理办法》、《北京市征集新兵体格检查工作实施细则》、《北京市教师资格认定体格检查工作实施细则》等文件，为规范体检工作打下了坚实的基础。
随着体检市场化进程的不断加快，北京市体检中心自1998年面向社会开展健康体检，以满足人民群众不断增长的健康需求。先后为中远集团、建设银行总行、北京青年报、中国电信、平安保险公司、爱立信中国分公司等知名企业和单位近百万人次进行了健康体检，以精湛的医技、人文的理念、优雅的环境、先进的设备受到了社会各界的一致好评。